Ai piedi della città di Assisi, a circa 2,5 Km di distanza, si estende la Frazione di Rivotorto. Prende nome da un piccolo torrente, detto Rivo Torto, che ne attraversa il vasto territorio pianeggiante. In esso sono dislocati percorsi, luoghi e alcune antiche Chiese che hanno segnato la vita di San Francesco e gli inizi del Francescanesimo.
Il grande Santuario custodisce al suo interno il Sacro Tugurio ( sec. XIII): un modestissimo riparo scelto da San Francesco come luogo di dimora per sé e per i suoi primi compagni. Viene definito da molti come “la culla della Fraternità francescana”.
A Ovest del Santuario, a circa 1 km, si trovano le chiese di S. Maria Maddalena (sec. XII) e di San Rufino d’Arce (sec. XII): attorno ad esse sorgeva il lebbrosario comunale di Assisi. Nella pianura si trova poi il luogo della chiesa di S. Pietro della Spina (solo ruderi): si tratta della terza chiesa restaurata da San Francesco al tempo della conversione. Verso Est, a circa 2 Km, la chiesa della SS. Trinità (Sec. XII) e verso la città la Chiesa di S. Giovannuccio (sec. XVI).
Tutti questi luoghi sono stati testimoni di episodi fra i più salienti legati alla conversione del Santo e alla fondazione dell’Ordine Francescano.
Il servizio ai lebbrosi (1206-1207) che Francesco nel Testamento pone all’origine della sua conversione. L’accoglienza e la vita con i primi dodici compagni come inizio dell’Ordine. La stesura della Prima Regola o “Forma di vita” che nel 1209 Francesco ebbe a presentare al Papa Innocenzo III per riceverne autorevole approvazione.
Il Sacro Tugurio, per circa tre anni (1208-1210), ha visto muovere i primi passi di una nuova e originale forma di vita comunitaria che si ispirava alla primitiva comunità apostolica attorno a Gesù. Solo verso il 1210-1211 Francesco e i suoi compagni, con il tempo cresciuti di numero, lo abbandonarono per trasferirsi presso la chiesa della Porziuncola ricevuta in uso dai Benedettini del Monte Subasio.
Il Sacro Tugurio è attualmente custodito all’interno del Santuario. Un prima grande chiesa, in grado di contenerlo, vi venne costruita tra la fine del XVI e la prima metà del XVII secolo. Nello stesso periodo venne costruito, sul lato Est del Santuario, un grande convento. Nel 1854 un grave sisma distrusse la chiesa e gran parte del convento. L’attuale Santuario, in stile neogotico, è stato ricostruito nella seconda meta del secolo XIX. Da sempre è custodito dai Frati Minori Conventuali del Sacro Convento. Mai lungo i secoli è stato ceduto ad altre Riforme francescane.
Il Santuario è dal 1849 sede di Parrocchia.
Dal 1945 si celebra ogni anno, nelle domeniche dopo la Pasqua, una suggestiva Festa Patronale dedicata alla Regola di San Francesco in ricordo della Proto Regola dettata dal Santo per sé e i suoi primi compagni fin dagli inizi della loro vita in comune
Nell’attiguo convento vi risiede una comunità religiosa stabile che fa parte della Custodia generale del Sacro Convento di Assisi. Il convento è attualmente sede di corsi di formazione per i Frati dell’Ordine.
Il Santuario è stato inserito dall’UNESCO nell’anno 2000 fra i Monumenti “Patrimonio dell’Umanità”.

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