1253
Secondo frate Ludovico da Pietralunga (†1570), con le chiese Innocenzo IV consacra anche il primo nucleo del Convento: «Circa la consacrazione. Non solamente consacrò lo altare, ma ancora tutta la chiesa con il convento. Però se dice il Sacro Convento».

1265 circa
Una lettera del notaio pontificio Benedetto Caietani - futuro Bonifacio VIII - attesta di una biblioteca in crescita.

1282-
Lato sud-ovest. Nuovi locali conventuali (attuali locali della cucina e dei magazzini accanto).
Refettorio grande con copertura in legno. Chiostro in stile gotico ad arcate gotiche, costruite in filari alternati di pietra rossa e bianca, di fronte all'ingresso dello stesso refettorio e relativo lavabo.

1291
Lato nord. Un documento testamentario attesta l'esistenza del cimitero presso la basilica di San Francesco.

1300 circa
Lato sud. Passeggiata romanico-gotica esterna, lungo il muro perimetrale del refettorio, detto anche “Calce” o “Calzo”.

1310 circa
Lato nord. Con la costruzione della cappella absidata di Santa Caterina, viene modificato il chiostro-cimitero. Tombe comacine già datate.

1324
Lo studio teologico provinciale dell'Umbria è trasferito da Perugia ad Assisi. Rifacimenti e sviluppi dell'edificio a ovest per uso scolastico.

1336
Benedetto XII obbliga i conventi francescani a munirsi dei libri necessari nelle varie discipline. Alcuni locali ospitano lo “scrittoio” del convento.

1340 circa
Lato nord. Puccio Capanna dipinge una Crocifissione in una delle lunette della Sala romanica del capitolo.

1343
Diana di Gualtiero dona una somma di denaro per la costruzione della nuova infermeria. Nel 1348 viene lasciata una vigna per sovvenzionare lavori e suppellettili dell'infermeria.

1344
Frate Martino pittore dipinge e decora il refettorio grande con tetto a capriate di legno.

1360
Lato ovest: costruzione del Palazzo del cardinale Egidio Albornoz. Infermeria antica. Interventi dell'architetto eugubino Matteo Gattapone.

1362-1370
Lato ovest: costruzione di un nuovo granaio.
Spazio dietro l'abside delle chiese: sale per la biblioteca dello Studio teologico.

1429
Biblioteca sul lato ovest. Intervento del maestro comacino Filippo di Antonio sulle strutture a due piani della biblioteca. Nel 1448 i maestri falegnami Paolino d'Ascoli e Apollonio di Ripatransone realizzeranno banchi e scaffali per i libri.

1441
Lato sud. Costruzione di un dormitorio sostenuto all'esterno con 13 archi (attuali locali delle suore).

1446
Scale esterne di comunicazione tra le due basiliche.

1472
Lato ovest-nord-sud. Costruzione della “Scarpa” per rinforzare la fabbrica dell'Albornoz.

1474-1476
Lato ovest. Sisto IV fa costruire il rinascimentale chiostro maggiore, sistemando definitivamente lo spazio conventuale dietro l'abside della basilica. Viene mutilato il più antico chiostro gotico (attuale chiostro informe dell'Immacolata). Inoltre, vengono risistemati i locali sopra il granaio e l'infermeria e alzati l'attuale abitazione pontificia insieme ai saloni adiacenti. Il “palazzo gregoriano” a nord viene abbandonato per quello “sistino” a sud-ovest. Nella progettazione dei vasti lavori interviene forse Baccio Pontelli. L'esecuzione si deve ai Maestri comacini. Capitelli e numerosi stemmi del Papa di Franceschino Zampa. Lato sud della “scarpa”: viene posta la statua di Sisto IV munita di stemma del Papa francescano, già frate Francesco Della Rovere, 37° Ministro Generale dell'Ordine.

1550
Lato sud. Un ampio locale viene adoperato come “Refettorio invernale". L'assisano Adone Doni vi dipinge l'Ultima Cena.

1564
Chiostro Maggiore o di Sisto IV. A cura del P. Francesco Balestrucci, Dono Doni con il figlio Lorenzo decorano il chiostro con storie monòcrome dei santi Francesco e Chiara. Tra le storie, 54 tondi con illustri minoriti (in genere perduti).

1600-
II 28 marzo Filippo III di Spagna dona 4000 ducati per la costruzione di un dormitorio (attuale corridoio inferiore). Nel consiglio conventuale del 17 settembre «fu trattato, che si trovasse un muratore, o dua, per fare accomodare il tetto del refettorio grande, che casca a terra...».
Il 28 settembre Clemente VIII erige e istituisce il noviziato e fissa a 50 il numero dei frati e novizi che possono risiedere al Sacro Convento.

1646
Atrio attuale tra il refettorio grande e il dormitorio/corridoio inferiore. L'8 settembre è inaugurata la cappella del nuovo noviziato, successivamente munita di decorazione in affresco, da un autore locale anonimo:

1635-1647
Fondo ovest del corridoio inferiore. Stemma in maiolica policroma del Padre Generale Giovanni Battista Berardicelli: una B con corona sovrapposta, trovabile ancora sul cancello ligneo traforato che porta alla basilica (accanto all'ascensore) e sugli splendidi armadi della sacrestia segreta della basilica inferiore.

1700 circa
Pareti del Corridoio inferiore. Un anonimo pittore locale dipinse 20 scudi con altrettanti immagini sulle porte delle celle.

1717
Refettorio grande. Sulla parete ovest, Francesco Solimena dipinge la tela con l'Ultima cena.

1745-48
Refettorio grande. L'architetto Giovanni Fontana sostituisce le fatiscenti capriate in legno con l'attuale volta a botte in pietra terminante a lunette o “unghie” sui lati. Le pareti ospiteranno 22 medaglioni ovali barocchi con altrettanti ritratti di Papi mecenati della basilica e del Sacro Convento, realizzati da vari autori:

Da ovest a est, da sinistra a destra:

Benedetto XIV - Clemente XIV
Gregorio IX - Onorio III
Alessandro IV - Innocenzo IV
Nicola IV - Clemente IV
Alessandro V - Bonifacio IX
Innocenzo III - Callisto III
Innocenzo VIII - Sisto IV
Giulio II - Alessandro VI
Gregorio XIII - Clemente VII
Clemente VIII - Sisto V
Innocenzo XII - Alessandro VII

1756
Lato nord. Pesanti rifacimenti in stile neogotico della volta della “Sala gotica”, attuale sede del Museo-Tesoro. Intatte sono rimaste le finestre romaniche, identiche a quelle della sottostante “Sala romanica”.

1757
Refettorio grande. Sulla parete est del refettorio ristrutturato (m. 58x11x14), il Bottacci di Foligno esegue a guazzo il grande affresco con, entro una gigantesca prospettiva, la conferma della Regola. Sulla stessa parete Dono Doni († 1574) aveva dipinto un Crocifisso con i SS. Francesco e Chiara e, sullo sfondo, Gerusalemme e Assisi, esistente ancora nel 1704, quando fu pubblicato il “Collis Paradisi” del P. Francesco Angeli da Rivotorto.

1798-1811
Spoliazione del tesoro da parte dei Francesi.

1810
Soppressione napoleonica dei conventi e incameramento delle biblioteche, degli archivi, dei musei al demanio dello Stato con trasferimento a Spoleto fino al 1814.

1860
In forza del decreto Pepoli dell'11 dicembre, viene soppresso il Sacro Convento con i suoi beni, trasferiti al Comune di Assisi e sistemati nel Palazzo Vallemani, in via San Francesco.

1929
Lato ovest. Ristrutturazione del Salone papale dall'architetto Arnaldo Foschini. Il pavimento in maiolica è di Giuliano Aretini di Deruta. La decorazione pittorica fu eseguita dalla pittrice romana Maria Biseo su programma iconografico suggerito dal P. Bonaventura Marinangeli.
Il locale rinnovato, munito degli arazzi rinascimentali, ospitò il Museo-Tesoro fino al 1977.

1932
Ingresso del Sacro Convento. Sistemazione dei bassorilievi in terracotta rivestita, raffiguranti l'evento del ritrovamento del corpo di San Francesco (1818), originalmente donati da Pio IX per ornamento delle pareti della nuova Cripta neoclassica (1824).
Nella lunetta sulla porta. Bassorilievo con Francesco che sposa Madonna Povertà (ispirato al “Canto XI” del “Paradiso dantesco”).
Chiostro Maggiore Sisto IV. Risistemazione delle due gigantesche statue marmoree raffiguranti Pio VII e Pio IX, originalmente ai lati della scala che da qui immetteva nella Cripta neoclassica. Furono donate da Pio IX, dopo il soggiorno al Sacro Convento nel 1857. Ne fu autore F. Gianfredi.

1968-72
Rifacimento del pavimento in pietra rossa di Assisi del refettorio grande. Scoperta di circa seicento frammenti di maiolica umbra antica, ora parzialmente esposti nel Museo-Tesoro.

(Padre Pasquale Magro, ofm Conv.)