I locali ospitanti la comunità custode del Sepolcro del Santo sono articolati intorno a quattro chiostri: Chiostro Sisto IV, Chiostro dei Morti, Chiostro San Geronzio, Chiostro dell’Immacolata. Ma il perimetro conventuale ospita fin dalle origini la domus gregoriana o palazzo dei papi fatto costruire dal fondatore Gregorio IX, sul lato nord del convento. Il francescano Sisto IV spostò la dimora dei Pontefici sul lato sud-ovest dell’edificio nel 1476.
Dietro l’abside, sul lato nord del Chiostro maggiore Sisto IV (1474) sono i locali ospitanti il Museo del Tesoro. Il patrimonio ivi custodito è costituito da prestigiosi doni e arredi liturgici originariamente in uso nel Santuario. La tipologia degli oggetti museali copre capolavori di seta orientale e oreficeria liturgica, vetrate istoriate e dipinti su tavola, ceramica medievale, libri liturgici miniati e musicati, vario arredo sacro.
Sul lato nord ovest, sono i locali della biblioteca, la cui esistenza è documentabile a partire dal 1265 in un manoscritto del cardinale Caietani poi Bonifacio VIII. Malgrado dispersioni varie, la biblioteca conventuale-comunale conserva oggi circa un migliaio di codici manoscritti, 480 incunaboli, 3400 cinquecentine e varie edizioni pregevoli. Celebre il manoscritto 338 con gli Scritti del Santo.
Tra i locali più importanti nel complesso conventuale sono: la Sala del Capitolo o delle Reliquie, in stile romanico gotico, ricca di una Crocifissione dovuta alla mano di Puccio Capanna (1330c); il monumentale refettorio, modificato in leggero barocco nel 1700. Una grande tela raffigurante l’Ultima cena di Francesco Solimena è sulla parete ovest (1717). Sulle pareti leterali, in 22 medaglioni ovali, sono ventidue tele, con altrettanti pontefici mecenati della Basilica e del Sacro Convento.
Esente da ogni giurisdizione inferiore a quella del Papa e per la presenza del corpo del Patriarca, dichiarata Caput et Mater dell’Ordine (1230), la Basilica con l’annesso Sacro Convento risulta elencata al primo posto tra gli insediamenti francescani, in tutti i codici antichi precedenti le diramazioni giuridiche dell’Ordine avvenute a partire dal 1517.