Giovanni Duns Scoto (1265-1321), uno dei maggiori teologi francescani, è raffigurato tra gli intarsi del coro ligneo del presbiterio della chiesa superiore della Basilica. Opera di Domenico Indivini da Sanseverino (1445 c.ca-1502) e dei suoi collaboratori, realizzata tra il 1491 e il 1501, il coro è decorato in ogni seduta da intarsi che la "assegnano" ai diversi frati dediti ad un particolare servizio nel Sacro Convento (il bibliotecario, il sacrestano, il musicista...) oppure a figure eminenti dell'Ordine francescano, come ad esempio Bonaventura.

Appunto tra questi ultimi è presentato Duns Scoto, che fu insegnante di teologia alle università di Parigi e Colonia e per questo è raffigurato in vesti dottorali e nell'atto di leggere; sotto il ritratto è apposta la scritta con il suo nome "Iohannes Scotus". Originario della Scozia, fu detto "doctor subtilis" (così lo menziona anche Benozzo Gozzoli negli affreschi della chiesa di San Francesco a Montefalco) e fu uno dei più appassionati e importanti sostenitori del dogma dell'Immacolata Concezione, che non a caso venne poi ribadito da un papa dell'Ordine francescano, Sisto IV, con l'istituzione della relativa festività dell'8 dicembre. Giovanni Duns Scoto è stato ufficialmente beatificato da Giovanni Paolo II nel 1993.

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