Le Storie di san Francesco della Basilica Superiore terminano con tre miracoli postumi raccontati nella Legenda Maior di San Bonaventura:

• “La guarigione del cavaliere di Lerida”: un uomo ferito a morte e che i medici ritengono incurabile vede apparire il santo che toccandolo con le stigmate lo guarisce;
• “La confessione della donna di Benevento”: una donna morta senza poter essere confessata viene fatta resuscitare da Francesco che intercede presso Cristo per la salvezza della sua anima;
• “La liberazione dell’eretico Pietro di Alife”: grazie alla preghiera del santo, si spezzano le catene di un eretico costringendo il vescovo di Tivoli ad ammettere il prodigio.

I tre episodi realizzati probabilmente da un allievo di Giotto, il Maestro della Santa Cecilia, chiudono il ciclo evidenziando il ruolo di Francesco che per il pellegrino non solo è un modello di alter Christus, ma intercede anche per lui nel cammino cristiano attraverso la guarigione fisica, spirituale e sociale.