Sulla volta della Chiesa Superiore della Basilica è possibile ammirare la Deesis di Jacopo Torriti, che riprende e arricchisce una tipica iconografia del mondo bizantino.

Nella composizione appaiono quattro figure: il Cristo benedicente, la Vergine Maria, San Giovanni Battista e San Francesco. Ogni figura è in un quadrante della volta e incorniciata da un cerchio.

Nella iconografia bizantina, il significato della Deesis è quello di affermare, da un lato, la supremazia del Cristo, dall’altro, il ruolo di Maria e Giovanni Battista nella preghiera di intercessione.

Ad Assisi, viene aggiunta l’immagine di Francesco, che con la sua vita e con la sua intercessione aiuta il fedele ad incontrare Cristo e a vivere il passaggio dal vecchio al nuovo Adamo.